新冠病毒全球演化跟踪、新冠疫情全球动态监控预测

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新冠病毒主要谱系世界分布

基于206个SNV位点及新增突变株标志性位点统计各国家和地区新冠病毒的谱系组成。 因组序列数据获取自GISAID。截至2024年6月22日，共下载15,268,436条基因组；经过质量控制后，共筛选得到13,627,121条高质量序列用于分析。筛选标准：1) N < 5%；2) 序列长度大于29,000（除去N后）。

新冠病毒全球谱系
Card world
全球新冠疫情发展与预测

基于新冠病毒公共数据库，计算各个国家新冠病毒疫情再生系数，配合SUQC模型预测未来疫情发展趋势。

全球新冠疫情发展再生系数 Card world
全球新冠疫情发展预测 Card world
新冠病毒谱系分型工具

您可以输入或上传感兴趣的新冠病毒基因组序列（fasta格式），根据 206个SNV位点 及新增突变株标志性位点进行分型。

输入/上传您的序列 Card tool
全球新冠疫情动态监测

基于新冠病毒公共数据库，统计全球新冠疫情累计确诊病例、新增确诊病例、死亡病例、死亡率、现存确诊病例等动态监测。

全球累计确诊病例 Card world
全球现存确诊病例 Card world
7日累计确诊病例 Card world
每日新增确诊病例 Card world
新冠病毒变异信息统计

统计变异在新冠病毒基因组上的分布情况（突变位点总数：29,893，除去简并碱基）。数据来源为GISAID公开的病毒基因组（截至2024年6月22日，筛选后共13,627,121条，筛选标准：1) N < 5%；2) 序列长度大于29,000（除去N后）。

变异信息统计
Card gene
团队发表成果
  • Evolutionary analysis and lineage designation of SARS-CoV-2 genomes (新型冠状病毒基因组的演化分析与谱系分型). DOI:10.1016/j.scib.2021.02.012 PDF Science Bulletin. DOI:10.1016/j.scib.2021.02.012  PDF
  • Population Genetics of SARS-CoV-2: Disentangling Effects of Sampling Bias and Infection Clusters (新型冠状病毒的种群遗传学：解析抽样偏差和感染群的影响). Genomics, Proteomics & Bioinformatics. DOI: 10.1016/j.gpb.2020.06.001  PDF
  • The use of SARS-CoV-2-related coronaviruses from bats and pangolins to polarize mutations in SARS-Cov-2 (以蝙蝠和穿山甲中的相关冠状病毒研究新型冠状病毒的突变). SCIENCE CHINA Life Sciences. DOI: 10.1007/s11427-020-1764-2  PDF
  • Heightened protein-translation activities in mammalian cells and the disease/treatment implications (哺乳动物细胞中蛋白质翻译激活的增强及其对疾病和治疗的影响). National Science Review. DOI: 10.1093/nsr/nwaa066  PDF
  • Modeling the epidemic dynamics and control of COVID-19 outbreak in China (新冠肺炎在中国的传染病动力学及防控模型). Quantitative Biology. DOI: 10.1007/s40484-020-0199-0  PDF
  • On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2 (新型冠状病毒的起源与持续演化）. National Science Review. DOI: 10.1093/nsr/nwaa036  PDF